Kantor Pusat MDPI berlokasi di Denpasar, ibu kota Bali, Indonesia. Sejak didirikan pada tahun 2013, sebagian besar tanggung jawab administrasi, perencanaan, dan koordinasi untuk organisasi telah dilakukan di sini. Saat ini memiliki xx staf yang berbasis di sini yang memberikan dukungan teknis untuk berbagai program di seluruh lokasi MDPI di 6 provinsi. MDPI saat ini sedang mengembangkan kemitraan untuk mulai mengimplementasikan kegiatan-kegiatan yang ada di Bali.

Denpasar merupakan kota terbesar di Bali dan Nusa Tenggara, serta kedua terbesar di bagian timur Indonesia setelah Makassar. Pesatnya pertumbuhan pariwisata di Bali membuat Denpasar tumbuh menjadi pusat bisnis, meningkatkan perkembangan dan pendapatan penduduk. Berada di lokasi yang strategis dan di tengah-tengah area kerja MDPI membuat Denpasar sangat tepat menjadi kantor pusat MDPI.