Kantor Pusat MDPI berlokasi di Denpasar, ibu kota Bali, Indonesia. Sejak didirikan pada tahun 2013, sebagian besar tanggung jawab administrasi, perencanaan, dan koordinasi untuk organisasi telah dilakukan di sini. Saat ini memiliki xx staf yang berbasis di sini yang memberikan dukungan teknis untuk berbagai program di seluruh lokasi MDPI di 6 provinsi. MDPI saat ini sedang mengembangkan kemitraan untuk mulai mengimplementasikan kegiatan-kegiatan yang ada di Bali.

MDPI mulai bekerja di Manado pada tahun 2017, mendukung pengelolaan bersama perikanan berdasarkan data melalui pengumpulan data perikanan skala kecil, peningkatan kapasitas nelayan untuk memungkinkan keterlibatan dalam diskusi pengelolaan, dan uji coba penelusuran berbasis teknologi. Pada tahun 2020 MDPI mulai mengembangkan program organisasi masyarakat untuk memberdayakan masyarakat pesisir agar dapat lebih mendukung perikanan berkelanjutan, yang juga dilaksanakan di Desa Minaesa, Minahasa Utara. Karena MDPI bekerja bersama masyarakat, pada tahun 2021 kantor lokasi MDPI dipindahkan ke Minaesa untuk membantu menjaga hubungan dan kepercayaan yang kuat dari mereka yang bekerja dengan kami. Sebelum mendirikan lokasi di Manado, MDPI juga bekerja di Bitung dari tahun 2015 hingga 2020 melakukan pendataan dan program kemasyarakatan. Selain itu, MDPI juga memperluas cakupan kerjanya terkait pengumpulan data dan komunitas di Sangihe dari 2017 menjadi 2020.

Lombok Timur adalah wilayah kerja MDPI pertama yang menerapkan pekerjaan pengumpulan data serta menjadi pusat bagi para nelayan dan pemangku kepentingan untuk berbagi pengetahuan. Selama lebih dari 8 tahun MDPI telah bekerja di 1 desa, 2 lokasi pendaratan, mendukung langsung 2.970 nelayan. Didirikan pada tahun 2012, MDPI terus berupaya mengumpulkan data untuk mengembangkan pengelolaan perikanan tuna yang lebih efektif. Pada tahun 2021, program pemberdayaan masyarakat pesisir dikembangkan di Lombok Timur, terutama melalui organisasi komunitas perikanan.

Menyadari bagaimana sumber daya perikanan berperan penting dalam rantai pasok, MDPI mulai bekerja di Morotai pada tahun 2018. MDPI mendirikan wilayah kerja di Morotai untuk mendukung pengembangan sistem pengumpulan data yang kuat untuk lebih memenuhi standar eco-labelling. Wilayah kerja MDPI di Morotai mencakup 1 desa, 2 lokasi pendaratan, secara langsung mendukung 209 nelayan, semuanya bertujuan untuk mendukung pengelolaan yang lebih efektif untuk perikanan tuna.

Didirikan pada tahun 2013, Buru Utara adalah lokasi proyek pertama MDPI yang mendapatkan sertifikasi US Fair Trade (FT). Pekerjaan MDPI di Buru Utara dan Buru Selatan mencakup 10 desa, 11 lokasi pendaratan, dan 14 asosiasi nelayan, yang secara langsung mendukung 420 nelayan. Seluruh rangkaian intervensi perikanan dan program MDPI dilakukan di Buru, di mana MDPI telah mendapatkan reputasi lokal sebagai mitra tepercaya. Selama lebih dari 8 tahun, MDPI telah bekerja sama dengan 14 pemasok, 322 kapal, 3 pemroses, dan lebih dari 500 anggota komunitas.

Bone mendukung kemajuan perikanan skala kecil melalui kegiatan seperti pengumpulan sampel data pelabuhan, pengelolaan bersama perikanan, peningkatan kapasitas masyarakat, dan memainkan peran pendukung kepada pemerintah daerah dalam mengembangkan rencana pengelolaan. Dengan lebih dari 8 tahun pelaksanaan, pekerjaan MDPI mencakup 1 desa, 4 lokasi pendaratan, dan secara langsung mendukung 744 nelayan untuk memastikan kesadaran yang lebih baik akan keberlanjutan perikanan mereka. Didirikan pada tahun 2012, MDPI juga mendukung masyarakat dalam mengakses informasi terkait perikanan skala kecil di Indonesia, sehingga dapat diintegrasikan ke dalam rencana pengelolaan nasional. Pada tahun 2021, Bone mulai menerapkan program organisasi masyarakat untuk memperluas cakupan kerja dalam meningkatkan kesadaran masyarakat akan pentingnya perikanan berkelanjutan.

Hasil tangkapan tuna yang melimpah di Sanana terbukti memiliki potensi untuk pengembangan program perikanan berkelanjutan, khususnya melalui pendataan dan penerapan Fair Trade. Didirikan pada tahun 2018, MDPI telah bekerja di 2 desa, 1 lokasi pendaratan, bersama dengan 3 asosiasi nelayan, secara langsung mendukung 159 nelayan.

Lokasi kerja Ternate didirikan untuk lebih memperluas jangkauan implementasi Fair Trade dan ruang lingkup pengumpulan data di Maluku Utara. Didirikan pada tahun 2018, kegiatan MDPI di lokasi ini telah mencakup 5 desa, 3 lokasi pendaratan, 5 asosiasi nelayan, yang secara langsung mendukung sekitar 160 nelayan yang berlokasi di Ternate dan Tobelo. Banyak program perikanan berkelanjutan yang telah dilaksanakan dalam 4 tahun terakhir yang menjangkau 160 lebih nelayan, 3 pemasok, 1 pengolah, dan 200 lebih anggota komunitas.

MDPI telah bekerja di Seram, bagian dari provinsi Maluku, sejak tahun 2015 ketika MDPI mulai melaksanakan kegiatan pendataan. Dengan pelaksanaan lebih dari 6 tahun, proyek lokasi MDPI pada awalnya mencakup 3 wilayah termasuk Seram Selatan, Seram Utara, dan Seram Bagian Timur. Saat ini, MDPI memfokuskan seluruh kegiatan di Seram Selatan untuk mendukung pendataan, sertifikasi ekolabel, dan pengorganisasian masyarakat. MDPI telah bekerja di 6 desa, 10 lokasi pendaratan, dengan 13 asosiasi nelayan dan secara langsung mendukung 493 nelayan yang berlokasi di Seram Utara, Seram Selatan, dan Seram Bagian Timur. Seram merupakan situs paling dinamis dalam sejarah situs proyek MDPI.