Kupang adalah ibukota Provinsi Nusa Tenggara Timur sekaligus menjadi lokasi keberadaan pelabuhan terbesar di Pulau Timor. Kupang mempunyai potensi hasil laut berupa tuna, yang memerlukan peningkatan dalam proses pengelolaannya. Aktivitas peningkatan perikanan MDPI di Kupang dimulai sejak 2013, mencakup 1 desa dengan 2 staf lapangan yang terlibat langsung dan tinggal bersama komunitas nelayan lokal.
Pelaksanaan program kami adalah mendukung evidence-based management melalui kegiatan pengumpulan data untuk nelayan skala kecil, serta membangun kapasitas para nelayan agar mampu berpartisipasi dan ikut berdiskusi di tingkat manajemen. Program-program MDPI telah berhasil meningkatkan manajemen perikanan untuk 332 nelayan dan lebih dari 50 anggota komunitas.